España y Estonia han firmado los siguientes acuerdos:
- Acuerdo sobre el transporte internacional por carretera (entró en vigor el 24.11.1997)
- Convenio para la protección de inversiones (entró en vigor el 01.07.1998)
- Protocolo de cooperación entre los Ministerios de Defensa (entró en vigor el 24.11.1999)
- Acuerdo sobre la supresión recíproca de visados (entró en vigor el 30.01.2000)
- Acuerdo para la readmisión de personas (entró en vigor el 07.02.2000)
- Acuerdo para la extradición de delincuentes (entró en vigor el 07.02.2000)
- Convenio para evitar la doble pago de impuestos (entró en vigor el 01.01.2005)
- Acuerdo para la protección de información clasificada (entró en vigor el 26.01.2007)
- Acuerdo de cooperación cultural y educativa (entró en vigor el 07.11.2007)
- Acuerdo bilateral para la representación en la expedición de visados Schengen (entró en vigor el 29.04.2009)
- Acuerdo que enmienda el acuerdo para la protección de información clasificada (entró en vigor el 14.01.2011).